水路有南门―石洞口、南门―宝杨、吴淞口―堡镇等航线8条。截至2014年，崇明内河通航里程430千米，拥有航道里程173.84千米，其中六级航道161.68千米，七级、八级航道12.16千米。崇明区拥有五大客运码头和十大货运港口的密集型水上交通网络。
轮渡：宝杨路码头（客轮、快船）、吴淞码头、石洞口码头（车客渡）坐船都可到崇明岛南门港、堡镇港和新河港。
